刑事訴訟法第一百六十三條第二項但書：但於公平正義之維護或對被告利益有重大關係事項，法院應依職權調查之。其中「公平正義之維護」所指為何？
受刑事控告者，在未經依法公開審判證實有罪前，應被推定為無罪，此為被告於刑事訴訟上應有之基本權利，聯合國大會於西元一九四八年十二月十日通過之世界人權宣言，即於第十一條第一項為明白宣示，其後於一九六六年十二月十六日通過之公民與政治權利國際公約第十四條第二款規定：受刑事控告之人，未經依法確定有罪以前，應假定其無罪。」再次揭櫫同旨。
為彰顯此項人權保障之原則，我國刑事訴訟法於九十二年二月六日修正時，即於第一百五十四條第一項明定：「被告未經審判證明有罪確定前，推定其為無罪。」並於九十八年四月二十二日制定公民與政治權利國際公約及經濟社會文化權利國際公約施行法，將兩公約所揭示人權保障之規定，明定具有國內法律之效力，更強化無罪推定在我國刑事訴訟上之地位，又司法院大法官迭次於其解釋中，闡明無罪推定乃屬憲法原則，已超越法律之上，為辦理刑事訴訟之公務員同該遵守之理念。依此原則，證明被告有罪之責任，應由控訴之一方承擔，被告不負證明自己無罪之義務。從而，檢察官向法院提出對被告追究刑事責任之控訴和主張後，為證明被告有罪，以推翻無罪之推定，應負實質舉證責任即屬其無可迴避之義務。
因此，刑事訴訟法第一百六十一條第一項乃明定：「檢察官就被告犯罪事實，應負舉證責任，並指出證明之方法。」故檢察官除應盡提出證據之形式舉證責任外，尚應指出其證明之方法，用以說服法院，使法官確信被告犯罪事實之存在。倘檢察官所提出之證據，不足為被告有罪之積極證明，或其指出證明之方法，無法說服法院以形成被告有罪之心證者，為貫徹無罪推定原則，即應為被告無罪之判決。法官基於公平法院之原則，僅立於客觀、公正、超然之地位而為審判，不負擔推翻被告無罪推定之責任，自無接續依職權調查證據之義務。
故檢察官如未盡舉證責任，雖本法第一百六十三條第二項規定：「法院為發現真實，得依職權調查證據。但於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院應依職權調查之。」然所稱「法院得依職權調查證據」，係指法院於當事人主導之證據調查完畢後，認事實未臻明白，而有釐清之必要，且有調查之可能時，得斟酌具體個案之情形，依職權為補充性之證據調查而言，非謂法院因此即負有主動調查之義務，關於證據之提出及說服之責任，始終仍應由檢察官負擔；::至但書中「公平正義之維護」雖與「對被告之利益有重大關係事項」併列，或有依體系解釋方法誤解「公平正義之維護」僅指對被告不利益之事項，然刑事訴訟規範之目的，除在實現國家刑罰權以維護社會秩序外，尚有貫徹法定程序以保障被告基本權利之機能，此乃公平法院為維護公平正義之審判原則，就「公平正義之維護」之解釋，本即含括不利益及利益被告之事項。且但書為原則之例外，適用上必須嚴格界定，依證據裁判及無罪推定原則，檢察官之舉證責任不因該項但書規定而得以減免，所指公平正義之維護，既未明文排除利益被告之事項，基於法規範目的，仍應以有利被告之立場加以考量，否則，於檢察官未盡實質舉證責任時，竟要求法院接續依職權調查不利被告之證據，豈非形同糾問，自與修法之目的有違。::
::基此，為避免抵觸無罪推定之憲法原則及違反檢察官實質舉證責任之規定，「公平正義之維護」依目的性限縮之解釋方法，自當以利益被告之事項為限。::至本法第二條第一項對於被告有利及不利之情形，應一律注意，僅屬訓示規定，就證據層面而言，乃提示法院於證據取捨判斷時應注意之作用，於舉證責任之歸屬不生影響。檢察官如未於起訴時或審判中提出不利於被告之證據，以證明其起訴事實存在，或未指出調查之途徑，與待證事實之關聯及證據之證明力等事項，自不得以法院違背本法第一百六十三條第二項之規定，未依職權調查證據，有應於審判期日調查之證據未予調查之違法，執為提起第三審上訴之理由。
無罪推定係世界人權宣言及公民與政治權利國際公約宣示具有普世價值，並經司法院解釋為憲法所保障之基本人權。民國九十一年修正公布之刑事訴訟法第一百六十三條第二項但書，法院於「公平正義之維護」應依職權調查證據之規定，當與第一百六十一條關於檢察官負實質舉證責任之規定，及嗣後修正之第一百五十四條第一項，暨新制定之公民與政治權利國際公約及經濟社會文化權利國際公約施行法、刑事妥速審判法第六、八、九條所揭示無罪推定之整體法律秩序理念相配合。盱衡實務運作及上開公約施行法第八條明示各級政府機關應於二年內依公約內容檢討、改進相關法令，再參酌刑事訴訟法第一百六十三條之立法理由已載明：如何衡量公平正義之維護及其具體範圍則委諸司法實務運作和判例累積形成，暨刑事妥速審判法為刑事訴訟法之特別法，證明被告有罪既屬檢察官應負之責任，基於公平法院原則，法院自無接續檢察官應盡之責任而依職權調查證據之義務。則刑事訴訟法第一百六十三條第二項但書所指法院應依職權調查之「公平正義之維護」事項，依目的性限縮之解釋，應以利益被告之事項為限，否則即與檢察官應負實質舉證責任之規定及無罪推定原則相抵觸，無異回復糾問制度，而悖離整體法律秩序理念。（採乙說）