大學對於內部的組織、課程設計、研究內容、對學生的學力評鑑、考試規則及畢業條件等，都有自行規定和治理的權限。國家對大學所做的監督，除了必須有法律規範外，必須尊重它自行治理的原則，避免大學的自主性受到公權力不妥當的干預。
例如 立法機關不得任意用法律規定大學應設置軍訓室，行政機關也不能用命令要求大學一定要安排軍訓課，教育部對大學所訂的課程內容、學生考試成績的及格與否、入學和退學的標準都不能夠隨意干涉。
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