指交由具有專業知識的機關團體來進行鑑定。例如囑託醫院、學校或會計師公會來鑑定。
機關鑑定的用意，原本是考量這些機關有厲害的專家與足夠之設備，比較能作出好的鑑定結果，所以現行大多數刑事案件的鑑定都採取機關鑑定的方式。司法院也備有鑑定機關名冊。
機關內實際的鑑定人，要在鑑定前具結，並且在書面報告中具名。
鑑定人原則上要到法院以言詞說明。若檢察官跟辯護人都明白表示同意書面報告就可以作為證據，鑑定人就可以不用到庭。
如果鑑定機關是法定鑑定機關、經主管機關認證等屬於特別可信的鑑定機關，那麼他們出具的書面報告，就有證據能力，還是屬於傳聞證據的例外。此係為了解決實務上大量的機關鑑定情形，比如驗尿報告、毒品檢驗、槍枝殺傷力等機關鑑定，若要他們都到法庭上來，這應該就會癱瘓鑑定機關，所以有了這樣區分。
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