依據法律獨立行使職權,自主運作,除法律另有規定外,不受其他機關指揮監督之機關。(中央行政機關組織基準法 第3條)
例如 我國目前的中央二級獨立機關包含中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會(NCC)。
獨立機關之存在對於行政一體與責任政治原則有所減損,其設置應屬例外。唯有設置獨立機關之目的確係在追求憲法上公共利益,所職司任務之特殊性,確有正當理由足以證立設置獨立機關之必要性,重要事項以聽證程序決定,任務執行績效亦能透明、公開,以方便公眾監督,加上立法院原就有權經由立法與預算審議監督獨立機關之運作,綜合各項因素整體以觀,如仍得判斷一定程度之民主正當性基礎尚能維持不墜,足以彌補行政一體及責任政治之缺損者,始不致於違憲。