獨立機關
依據法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之機關。（中央行政機關組織基準法 第3條）
例如 我國目前的中央二級獨立機關包含中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會(NCC)。
獨立機關之存在對於行政一體與責任政治原則有所減損，其設置應屬例外。唯有設置獨立機關之目的確係在追求憲法上公共利益，所職司任務之特殊性，確有正當理由足以證立設置獨立機關之必要性，重要事項以聽證程序決定，任務執行績效亦能透明、公開，以方便公眾監督，加上立法院原就有權經由立法與預算審議監督獨立機關之運作，綜合各項因素整體以觀，如仍得判斷一定程度之民主正當性基礎尚能維持不墜，足以彌補行政一體及責任政治之缺損者，始不致於違憲。
運作重要原則
- 獨立行使職權之意旨，依據司法院釋字第613號解釋，僅指在法律規定範圍內，排除上級機關在層級式行政體制下所為對具體個案決定之指揮與監督，使獨立機關有更多不受政治干擾，依專業自主決定之空間。故僅限於具體個案決定有所謂獨立行使職權可言，不包括政策決定領域。
- 獨立機關依據法律主管之業務應以裁決性、調查性或管制性為主，不負責施政政策、產業輔導或獎勵等業務，若裁決性、調查性或管制性之個案決定涉及施政政策領域時，仍應與行政院各主管部會協調溝通，並接受行政院之政策決定。再者，其行使職權之個案決定雖不受行政院或其他行政機關之適當性及適法性監督，然以獨立機關仍屬中央行政機關，舉凡中央行政機關在性質上應一致遵行之行政管理事項仍應遵守，否則行政院作為憲法規定全國最高之行政機關，其完整之行政管理權限即難以維持。