行政訴訟的目的，在於保障人民權益，確保國家行政權的合法行使，依行政訴訟法第2條的規定，在公法上的爭議，除法律別有規定以外，即得依本法提起行政訴訟。行政訴訟的種類可分為撤銷訴訟、一般給付訴訟、課予義務訴訟及確認訴訟；除法律別有規定外，提起撤銷訴訟及課予義務訴訟都必須先經訴願程序。
101年9月6日起行政訴訟改採三級二審新制，於各地方法院成立行政訴訟庭。地方法院行政訴訟庭審理簡易程序事件的第一審、交通裁決事件的第一審、保全證據、保全程序及行政訴訟強制執行等事件。高等行政法院審理通常程序事件的第一審、簡易程序與交通裁決的上訴及抗告等事件。最高行政法院除審理通常程序的上訴及抗告事件外，於有統一法律見解必要時，亦受理由高等行政法院裁定移送的簡易程序及交通裁決的上訴或抗告事件。