過去為了讓民眾可以更方便提起行政訴訟，司法院推動行政訴訟「三級二審」制，在現有的高等行政法院及最高行政法院外，於地方法院設立行政訴訟庭。現已修法，廢除地方法院行政訴訟庭，改於高等行政法院設立地方行政訴訟庭。
所謂「三級二審」，其中「三級」指行政法院由上而下分為最高行政法院、高等行政法院及地方行政訴訟庭；「二審」則指所有行政訴訟事件均經二審終結，第一審為事實審，第二審為法律審。
以行政法院受理的事件區分，簡易訴訟程序事件及交通裁決事件的第一審為地方行政訴訟庭，第二審（終審）為高等行政法院；通常訴訟程序事件的第一審為高等行政法院，第二審（終審）則為最高行政法院。
簡單的說，當事人起訴時，如果爭執的金額或價額在40萬元以下，例如 稅捐稽徵機關核定應補稅額60萬元，但納稅義務人只對其中補徵稅額25萬元部分不服；或是違反食品衛生管理法、空氣污染防制法等規定，經裁罰金額在40萬元以下的事件，可在被告機關所在地對應的地方行政訴訟庭打官司。
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