追訴權時效係處罰之障礙原因之一，若自犯罪起一定時間未起訴，則應為不起訴處分（刑訴第252條）或免訴判決（刑訴第302條）。
追訴權時效的起算，若為狀態犯，則於犯罪成立之日起算（刑法第80條第2項本文）；若為繼續犯，則自行為終了之日起算，以防止行為人將犯行拖延至追溯期間屆滿而生法律漏洞（刑法第80條第2項但書）。
起訴權時效因起訴而停止進行，但審判程序因法律規定或被告逃匿而通緝，不能開始或繼續，該期間已達追訴權時效期間之三分之一，則時效停止原因視為消滅，時效則繼續進行，而時效停止之前經過之期間並不消滅，合併計算。（刑法第83條）
108年12月修法，已將追訴權時效停止及行刑權時效停止的規範期間，從四分之一延長為三分之一，增加犯罪者逃避通緝的成本，落實司法正義。