在早期，司法權依附於行政權之下，故時常受到干預，自孟德斯鳩提出三權分立後，因權力分立，法治國制度漸漸落實，司法權才得以逐漸獨立。
司法權獨立之內涵，包括法官的事務獨立性與身分獨立性：
現代刑事訴訟進步理念，認為唯有透過程序的正義，始能實現實體的正義；缺乏程序正義，即無實體正義可言。我國刑事訴訟法乃以法院、檢察官和被告形成訴訟結構的三面關係，法院居於公平、客觀、中立、超然立場審判，後二者為當事人（不含被害人及告訴人，但此二類人員之權益保障，另見後述），檢察官負有實質舉證責任（刑訴第161條），被告受無罪推定保障（刑訴第154條第1項），審判以法庭活動為中心（刑訴第159條第1項、刑訴第164條至第170條）訴訟程序原則上由當事人主導（刑訴第161條之2第1項、第2項、刑訴第163條第1項），法院僅補充性介入（刑訴第163條第2項），學理上稱為改良式當事人進行主義。（最高法院101年度台上字第3276號刑事判決要旨）
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